Em 2013, vão existir novas regras para os programas de faturação certificados, conforme o decreto lei 197 e 198 de 2012, nomeadamente:

- Obrigatoriedade de emissão de faturas para todas as entidades independentemente do valor de emissão;

- Deixam de existir todos os documentos equivalentes a fatura, tais como vendas a dinheiro, talões de venda, fatura-recibo

- Passa a ser obrigatório comunicar à Autoridade Tributária (AT) todos os documentos de faturação emitidos, até ao dia 8 do mês seguinte à emissão do documento. Esta comunicação poderá ser efetuada à AT por transmissão eletrónica em tempo real, integrada em programa de Faturação através de webservice; através do envio do ficheiro SAF-T (PT) mensal, e por inserção direta dos dados da fatura no Portal das Finanças.

- Passa a ser obrigatório comunicar à AT os elementos dos documentos de transporte, antes do seu início e a certificação de software para volume de faturação a partir de €100.000,00.